印度长期以来一直指责巴基斯坦支持其境内的武装组织，特别是在克什米尔地区。这些指控是两国关系紧张的主要根源之一，并与克什米尔长达数十年的冲突紧密相关。

以下是一些印度指控巴基斯坦支持的武装组织：

• 虔诚军（Lashkar-e-Taiba, LeT）：印度指控虔诚军参与了多起针对印度的袭击事件，包括2008年的孟买袭击案。印度和外国专家声称，虔诚军在20世纪90年代获得了巴基斯坦三军情报局（ISI）的训练和财政支持。 印度方面表示，他们袭击了虔诚军位于拉合尔附近穆里德克的总部，据称孟买袭击案的袭击者在那里接受了训练。
• 穆罕默德军（Jaish-e-Mohammed, JeM）：印度指控穆罕默德军应对2001年印度议会袭击案负责。 该组织由马苏德·阿扎尔（Masood Azhar）创立，据称该组织在巴基斯坦境内自由活动，并与基地组织和塔利班有联系。
• 穆斯林游击队（Hizb-ul-Mujahideen, HM）：印度也将穆斯林游击队列为巴基斯坦支持的组织之一。
• 其他组织：除了上述主要组织，印度还指控巴基斯坦支持其他一些组织，包括一些印度本土组织，如阿萨姆邦的联合解放阵线（ULFA）。 近年来，印度声称一些新的武装组织是虔诚军等老牌组织的代理。

印度认为，巴基斯坦通过向这些武装组织提供财政支持、武器，并在巴控克什米尔地区设立训练营来支持他们。 印度还指控巴基斯坦派遣受过国家训练的恐怖分子越过实际控制线，在印控克什米尔和印度本土发动袭击。

尽管巴基斯坦一直否认这些指控，但印度持续强调这些武装组织的存在以及他们对印度安全构成的威胁。印度认为，巴基斯坦未能有效控制其边境，并且没有限制被联合国列为恐怖分子的塔利班领导人的活动。 巴基斯坦国防部长赫瓦贾·穆罕默德·阿西夫（Khwaja Muhammad Asif）据报道承认该国支持恐怖组织三十多年，称这是一个与美国主导的外交政策决策相关的错误。

总而言之，印度对巴基斯坦支持武装组织的指控是两国间长期存在的争议焦点，这些指控与克什米尔冲突以及区域安全稳定息息相关。